Asal - usul

Kemunculan ninja pada tahun 522 berhubungan erat dengan masuknya seni nonuse ke Jepang. Seni nonuse inilah yang membuka jalan bagi lahirnya ninja.
Seni nonuse atau yang biasa disebut seni bertindak diam-diam adalah suatu praktik keagamaan yang dilakukan oleh para pendeta yang pada saat itu bertugas memberikan info kepada orang-orang di pemerintahan. Sekitar tahun 645, pendeta-pendeta tersebut menyempurnakan kemampuan bela diri dan mulai menggunakan pengetahuan mereka tentang nonuse untuk melindungi diri dari intimidasi pemerintah pusat.
Pada tahun 794-1192, kehidupan masyarakat Jepang mulai berkembang dan melahirkan kelas-kelas baru berdasarkan kekayaan. Keluarga kelas ini saling bertarung satu sama lain dalam usahanya menggulingkan kekaisaran. Kebutuhan keluarga akan pembunuh dan mata-mata semakin meningkat untuk memperebutkan kekuasaan. Karena itu permintaan akan para praktisi nonuse semakin meningkat. Inilah awal kelahiran ninja. Pada abad ke-16 ninja sudah dikenal dan eksis sebagai suatu keluarga atau klan di kota Iga atau Koga. Ninja pada saat itu merupakan profesi yang berhubungan erat dengan intelijen tingkat tinggi dalam pemerintah feodal para raja di jepang. Berdasarkan hal itu, masing-masing klan memiliki tradisi mengajarkan ilmu beladiri secara rahasia dalam keluarganya saja. Ilmu beladiri yang kemudian dikenal dengan nama ninjutsu. Dalah ilmu yang diwariskan dari leluhur mereka dan atas hasil penyempurnaan seni berperang selama puluhan generasi. Menurut para ahli sejarah hal itu telah berlangsung selama lebih dari 4 abad. Ilmu itu meliputi filsafat FUDOSHIN, spionase, taktik perang komando, tenaga dalam, tenaga supranatural, dan berbagai jenis bela diri lain yang tumbuh dan berkembang menurut zaman.
Namun ada sebuah catatan sejarah yang mengatakan bahwa sekitar abad ke-9 terjadi eksodus dari Cina ke Jepang. Hal ini terjadi karena runtuhnya dinasti Tang dan adanya pergolakan politik. Sehingga banyak pengungsi yang mencari perlindungan ke jepang.sebagian dari mereka adalah jendral besar, prajurit dan biksu. Mereka menetap di provinsi Iga, di tengah pulau Honshu. Jendral tersebut antara lain Cho Gyokko, Ikai Cho Busho membawa pengetahuan mereka dan membaur dengan kebudayaan setempat. Strategi militer, filsafat kepercayaan, konsep kebudayaan, ilmu pengobatan tradisional, dan falsafah tradisional. Semuanya menyatu dengan kebiasaan setempat yang akhirnya membentuk ilmu yang bernama ninjutsu.